在NGS檢測實驗中,DNA文庫構建的第一步就是將DNA隨機打斷成符合各測序平臺讀長的片段。相信熟悉NGS文庫構建的科研人員一定糾結過這個問題,是用酶解打斷還是超聲波打斷?
目前DNA打斷的主要的方法是超聲法和酶解法。但是這兩種方法在實際使用中各具優(yōu)勢,需要根據實驗者自身的情況進行選擇。
超聲波打斷法:
1.操作簡單,耗時短,成本低;
2.剪切效果不受DNA濃度影響,
3.隨機片段化,無GC序列偏好;
4.片段化結果集中度高,目的長度片段得率高。
酶解法:
1.實驗要求嚴格,針對不同樣本合適的片段化條件摸索不易,成本較高;
2.存在序列偏好性;需要根據樣本濃度改變酶濃度,酶活性易受到溶液成分影響;
3.目標長度片段集中度較低。
由上可見超聲打斷法的優(yōu)勢顯而易見,但常用的超聲波打斷儀分為接觸式和非接觸式。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀,探頭與樣品直接接觸,一次只能處理一個樣品,實驗周期長。而小美非接觸超聲波DNA打斷儀產品卻可在密閉容器下進行破碎,不產生感染性飛霧,超聲探頭與樣品不接觸,避免交叉污染。
對于每天要處理多個樣品或者貴重樣品的實驗室,小美非接觸DNA超聲波打斷儀具有通量高、實驗一致性好,實驗重復性好、片段得率高、樣本低損耗,無交叉污染等優(yōu)點。
一次多可同時處理32-64個樣品,實驗效率高。專為二代測序DNA樣本與染色質免疫共沉淀實驗樣本前處理量身訂做的。
采用等溫、非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合;可用于超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。深受各大基因公司、生物公司、測序公司的好評!
如何做好一個實驗,選擇往往比努力更重要。小美非接觸超聲波DNA打斷儀,讓你實驗事半功倍的科研好物!