高通量聲波基因組剪切儀通過高頻超聲波產(chǎn)生的瞬時剪切力,應(yīng)用等溫、非接觸地方式對DNA樣本進行片段化;高通量超聲波基因組剪切儀對樣品的處理具有通量高、操作靈活簡便、無樣品間的交叉污染、重復性好、實驗效率高等性能特點。它被廣泛用于對細菌細胞破碎、蛋白質(zhì)抽提、二代測序樣本DNA片段化、免疫共沉淀實驗等方面。
在醫(yī)療應(yīng)用領(lǐng)域,靶向治療和免疫治療的應(yīng)用越來越廣泛,通過伴隨診斷試劑檢測合適的生物標志物,篩選出對藥物療效更加敏感的患者,可以使患者在臨床診療得到更加精準的治療。因此,基于高通量測序方法進行伴隨診斷試劑檢測的產(chǎn)品也日益增多。
聲波基因組剪切儀在高通量測序方法中的實驗應(yīng)用方案:
1.采集樣本并對樣本進行核酸抽提
2.DNA文庫構(gòu)建
①樣本準備:基因組DNA片段化
②末端修復和連接
③Pre-PCR
④雜交和雜交洗脫
⑤Post-PCR
3.測序上機
4.數(shù)據(jù)分析和藥物靶向位點篩選
DNA片段化的案例展示:
DNA片段化結(jié)果圖案例1
DNA片段化結(jié)果圖案例2
高通量測序技術(shù)的應(yīng)用具有高準確度、高通量、高自動化等應(yīng)用優(yōu)勢,且隨著技術(shù)不斷改進,測序讀長和測序深度也在不斷的增加,其在醫(yī)學領(lǐng)域的應(yīng)用也日漸廣泛。高通量聲波基因組剪切儀可以通過可調(diào)的超聲功率與工作時間去適應(yīng)不同上機要求的片段長度。
聲波基因組剪切儀用于NGS測序的優(yōu)勢:
①通量高:一次可同時處理多個組織樣品,實驗效率高
②無需頻繁操作探頭:各樣品均在單獨的全封閉試管中,避免了交叉污染,不產(chǎn)生感染性飛霧,不需要額外插入超聲探頭
③可避免樣品的變性:采用4℃低溫水浴超聲波,能量分布均勻,超聲作用完全,樣品完全在低溫環(huán)境中進行,避免了樣品的變性
④樣本破碎方式:利用磁致伸縮共振超聲技術(shù)破碎樣本,多種超聲頻率同時工作,能量輸出均衡,超聲密度均一,非接觸處理,確保實驗效果一致性好