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小美超聲聚能式超聲波DNA打斷儀在測(cè)序公司的應(yīng)用

  • 產(chǎn)品介紹

XM-Q800R3聚能式超聲DNA剪切儀是小美超聲公司是國(guó)內(nèi)較早為CHIP實(shí)驗(yàn)(染色質(zhì)免疫共沉淀—一種研究蛋白與DNA相互作用的技術(shù))而設(shè)計(jì)的,整套設(shè)備由一體式主機(jī)、聚能式換能器、杯式探頭、樣品支架、可透視消音箱和冷卻水循環(huán)機(jī)等幾個(gè)部分組成。經(jīng)二代測(cè)序儀Illumina廠(chǎng)家實(shí)驗(yàn)室測(cè)試使用,設(shè)備的性能和實(shí)驗(yàn)結(jié)果非常好,媲美進(jìn)口產(chǎn)品。

全基因組測(cè)序(Whole Genome Sequencing, WGS)是基因組較為多的研究方案。WGS通過(guò)對(duì)人類(lèi)細(xì)胞中的基因組(包括線(xiàn)粒體)所有的30億堿基進(jìn)行測(cè)序,測(cè)定其DNA的堿基序列,從而可在全基因組水平上檢測(cè)與人類(lèi)疾病相關(guān)的單核苷酸變異(SNVs)、插入缺失(In Dels)、拷貝數(shù)變異(CNVs)和結(jié)構(gòu)變異(SVs)等多種突變信息,進(jìn)而得到完整的人體“說(shuō)明書(shū)”。XM-Q800R3打斷儀為全基因提供高效、均一、穩(wěn)定的樣品前處理。

  • 應(yīng)用公司介紹

希望組(Grandomics)是三代測(cè)序大數(shù)據(jù)技術(shù)和應(yīng)用的開(kāi)拓者,成立于2011年8月8日,曾用“未來(lái)組”品牌開(kāi)拓三代測(cè)序科技服務(wù),是三代測(cè)序服務(wù)公司和三代測(cè)序大數(shù)據(jù)診斷公司。

多年來(lái),一直專(zhuān)注于在三代測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行技術(shù)開(kāi)發(fā)與應(yīng)用拓展,目前,已經(jīng)形成了“科技服務(wù)”、“醫(yī)學(xué)診斷”、“生物信息”、“先進(jìn)制造”四大業(yè)務(wù)模塊;在北京、武漢建設(shè)了合計(jì)超過(guò)5,000平米的科研服務(wù)平臺(tái)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室;引進(jìn)了國(guó)際先進(jìn)的ONT PromethION 48、PacBio Sequel II、MGISEQ2000/T7、Bionano Saphyr光學(xué)圖譜等技術(shù)平臺(tái)。

非接觸式DNA打斷是全基因組測(cè)序的前處理步驟,打斷效果是否均一、穩(wěn)定,這關(guān)系著是否影響后續(xù)全基因組序列的準(zhǔn)確性。測(cè)試階段客戶(hù)使用參數(shù)為:4℃循環(huán)水。百分100功率,運(yùn)行10s,停止10s,15分鐘打斷效果如下圖:agilent 2100測(cè)試結(jié)果表明時(shí)間過(guò)長(zhǎng),均一性不好。

經(jīng)過(guò)調(diào)整后,效果提升。

10分鐘效果圖
11分鐘打斷效果圖

根據(jù)片段大小,可以調(diào)整不同的實(shí)驗(yàn)時(shí)間和功率。

  • 應(yīng)用展望

全基因組測(cè)序基本上在所有三代測(cè)序這個(gè)都有大范圍的應(yīng)用,我司非接觸式DNA打斷儀有多種通量和效率可以選擇,XM-Q800R3是目前效率較高,但是通量較小的一款設(shè)備,通過(guò)與未來(lái)組的合作應(yīng)用,我們將加速研發(fā)改進(jìn)設(shè)備的應(yīng)用,使其更加匹配到全基因組測(cè)序的服務(wù)中。

表觀(guān)遺傳學(xué)|ChIP小美非接觸式超聲處理法
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超聲波細(xì)胞破碎儀對(duì)藻細(xì)胞樣品的前處理實(shí)驗(yàn)
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