實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/strong>將全基因組DNA樣品進(jìn)行200-500bp區(qū)間的均一性片段化處理。
實(shí)驗(yàn)儀器及材料：
1.實(shí)驗(yàn)儀器：本次實(shí)驗(yàn)選用三款非接觸打斷儀器如下：小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀、bioruptor-非接觸式超聲破碎儀、小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀。
2.實(shí)驗(yàn)材料：核酸濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。
實(shí)驗(yàn)步驟：
1.提前15分鐘將三款儀器的冷水機(jī)啟動(dòng)，設(shè)置溫度為4℃。
2.將每個(gè)愛(ài)思進(jìn)品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。
3.將2管裝好樣品的1.5 mL EP 管分別放入三款儀器的適配器當(dāng)中，其他空余的孔位由加同樣體積水的1.5 mL EP 管補(bǔ)齊。
4.程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔時(shí)間10s，總時(shí)長(zhǎng)15分鐘和20分鐘，二個(gè)梯度對(duì)比。
5.程序結(jié)束后，取出樣品使用毛細(xì)管電泳進(jìn)行基因組片段化檢測(cè)。
實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
1.小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀
①程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔時(shí)間10s，總時(shí)長(zhǎng)15分鐘
平均片段大?。?10.0 bp
| 片段范圍 bp | 占比 % |
| 25-100 | 4 |
| 100-200 | 21.3 |
| 200-500 | 64.7 |
| 500-904 | 10 |
②程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔10s，總時(shí)長(zhǎng)20分鐘
平均片段大?。?00.1 bp
| 片段范圍 bp | 占比 % |
| 25-100 | 4.2 |
| 100-200 | 22.7 |
| 200-500 | 64.3 |
| 500-904 | 8.8 |
2.bioruptor-非接觸式超聲破碎儀
①程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔時(shí)間10s，總時(shí)長(zhǎng)15分鐘
平均片段大?。?32.9 bp
| 片段范圍 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.4 |
| 100-200 | 7.8 |
| 200-500 | 58.3 |
| 500-891 | 32.5 |
②程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔時(shí)間10s，總時(shí)長(zhǎng)20分鐘
平均片段大小：405.8 bp
| 片段范圍 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.5 |
| 100-200 | 9.5 |
| 200-500 | 63.2 |
| 500-904 | 25.8 |
3.小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀
①程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔時(shí)間10s，總時(shí)長(zhǎng)15分鐘
平均片段大?。?65.5 bp
| 片段范圍 bp | 占比 % |
| 24-100 | 2.1 |
| 100-200 | 13.6 |
| 200-500 | 65.4 |
| 500-904 | 18.9 |
②程序設(shè)置：溫度4℃，超聲工作時(shí)間20s 間隔時(shí)間10s，總時(shí)長(zhǎng)20分鐘
平均片段大?。?88.1 bp
| 片段范圍 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.9 |
| 100-200 | 12.3 |
| 200-500 | 62.2 |
| 500-904 | 23.6 |
4.三款儀器實(shí)驗(yàn)結(jié)果匯總
| 總時(shí)長(zhǎng)15分鐘 200-500 bp區(qū)間占比 | 總時(shí)長(zhǎng)20分鐘 200-500 bp區(qū)間占比 | 峰圖趨勢(shì) | |
| 小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀 | 64.7% | 64.3% | 平緩 |
| bioruptor-非接觸式超聲破碎儀 | 58.3% | 63.2% | 陡坡 |
| 小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀 | 65.4% | 62.2% | 陡坡 |
注：當(dāng)基因組片段在200-500 bp區(qū)間占比越高，峰圖越平緩狀時(shí)，說(shuō)明基因組片段的均一性更好，反之亦然。
在樣品、程序設(shè)定等條件相同的情況下，bioruptor的非接觸式超聲破碎儀和小美超聲的聚能式超聲波DNA打斷儀在200-500 bp區(qū)間占比分別達(dá)到58.3%和65.4%，且二者峰圖呈陡坡?tīng)?，表明基因組片段化均一性差。
小美超聲的高通量聲波基因組剪切儀在200-500 bp區(qū)間占比達(dá)到64.7%，峰圖呈平緩狀，表明基因組片段均一性更好。
